Геннадий Малахов родился 20 сентября 1954 года в городе Каменске-Шахтинском Ростовской области. После школы закончил ПТУ по специальности «электрослесарь». В 1988 году закончил Российский государственный университет физической культуры, спорта и туризма|Центральный институт физической культуры в Москве. По рассказам самого Малахова, к идее здорового образа жизни он пришёл, когда при попытке завязать со спортом перенёс тяжелейшее заболевание гланд.[ Геннадий Малахов попытался справиться с болезнью посредством очищения организма и для этого обратился к некому Юрию Павловичу, практикующему йогу, который сумел методикой «правильного» дыхания поднять его на ноги. Позднее Малахов познакомился с писателем Владимиром Черкасовым[3], который дал ему книги Пола Брэгга, Шелтона.
В 1986-м Малахов организовал свой клуб «Бодрость», в котором рассказывал, как «чистить печень и правильно питаться». Народу приходило много. Занимались йогой, гимнастикой, немного у-шу.
В середине 1990-х годов вышли первые книги Малахова — «Целительные силы» 1 и 2 тома.
Женат, имеет двоих детей.
Геннадий Петрович является академиком Узбекистанского института народной медицины[источник не указан 214 дней], является членом Международного союза благотворительных организаций «Мир добра», кавалер общественных наград России, включен в «Золотую книгу нации»[источник не указан 214 дней].
В сентябре 2010г. Геннадий Петрович неожиданно исчез с экрана телевидения - он не явился на очередную запись передачи "Малахов+", по причине того, что он попросту исчез в неизвестном направлении. Позже его нашли у себя на даче под Ростовом. Малахов говорил, что устал от съёмок.
