Юнг родился в семье пастора швейцарской реформаторской церкви в Кесвиле в Швейцарии. Дед и прадед со стороны отца были врачами. Карл Густав Юнг закончил медицинский факультет университета в Базеле. С 1900 по 1906 год работал в психиатрической клинике в Цюрихе в качестве ассистента известного психиатра Э. Блейера. В 1909—1913 годах сотрудничал с Зигмундом Фрейдом, играл ведущую роль в психоаналитическом движении: был первым президентом Международного психоаналитического общества, редактором психоаналитического журнала, читал лекции по введению в психоанализ. В 1922 году Юнг приобрел поместье в Боллингене на берегу Цюрихского озера (неподалеку от своего дома в Кюснахте) и на протяжении многих лет строил там так называемую Башню. В 1911 году Юнг вышел из Международной психоаналитической ассоциации и отказался от техники психоанализа в своей практике. Он разработал собственную теорию и терапию, названную им «аналитической психологией». Своими идеями он оказал значительное влияние не только на психиатрию и психологию, но и на антропологию, этнологию, культурологию, сравнительную историю религии, педагогику, литературу. В своих трудах Юнг охватил широкий спектр философско-психологической проблематики: от традиционных для психоанализа вопросов терапии нервно-психических расстройств до глобальных проблем существования человека в обществе, которые рассматривались им сквозь призму собственных представлений об индивидуальной и коллективной психике и учения об архетипах. В 1935 году Юнг был назначен профессором психологии Швейцарской политехнической школы в Цюрихе. Тогда же он стал основателем и президентом Швейцарского общества практической психологии. Ряд историков обвиняет Юнга в сотрудничестве с нацистским режимом и Государственным институтом психологических исследований и психотерапии («Институт Геринга»), которым руководил М. Геринг, родственник рейхсмаршала Г. Геринга. Доподлинно известно, что после прихода к власти нацистов в 1933 году Юнг вошёл в правление Немецкого психотерапевтического общества. Его работа 1936 года «Wotan» об арийской мифологии, где Фюрер назван «медиумом коллективного бессознательного», была высоко оценена Гитлером, а её автор был назначен президентом Немецкого психотерапевтического общества.

Размежевание с психоанализом в эти годы стало для Юнга не только теоретически закономерно, но и политически оправдано, поскольку работы Фрейда, еврея по происхождению, были изъяты из всех библиотек и публично сожжены, а психоанализ официально признан вредоносным учением. Однако его биограф Рихард Ноль (Richard Noll), очевидно, оправдывая Юнга, отмечает, что хотя он, «вероятно, разделял антисемитские воззрения, но сам никогда не был членом национал-социалистской партии». После окончания гимназии Фрейд желал сделать себе военную или политическую карьеру, но вследствие антисемитских настроений и материальных затруднений его амбиции были перечеркнуты. В 17 лет, осенью 1873 года, поступил на медицинское отделение Венского университета. С 1876 по 1882 год работал в лаборатории психологии Эрнста Брюкке, изучая гистологию нервных клеток. В 1881 году он с отличием сдал выпускные экзамены и получил степень доктора медицины. С 1933 по 1942 вновь преподавал в Цюрихе, а с 1944 — в Базеле. С 1933 по 1939 год издавал «Журнал по психотерапии и смежным областям», который поддерживал национальную и внутреннюю политику нацистов по очищению расы, а выдержки из «Mein Kampf» стали обязательным прологом к любой публикации. После войны Юнг открещивался от редактирования этого журнала, объясняя свою лояльность Гитлеру требованиями времени. В интервью Кароль Буаман 1948 года в качестве оправдания своего сотрудничества с нацистским режимом Юнг не находит ничего лучше как заявить, что «среди его коллег, знакомых и пациентов в период с 1933 по 1945 было много евреев». Хотя и тогда и сейчас ряд историков упрекают Юнга в сотрудничестве с нацистским режимом, он никогда не был осуждён официально и, в отличие от Хайдеггера, ему было разрешено продолжить преподавание в университете. В апреле 1948 года в Цюрихе был организован Институт К.Г. Юнга. Институт вёл подготовку на немецком и английском языках. Сторонники его метода создали Общество аналитической психологии в Англии и подобные общества в США (Нью-Йорке, Сан-Франциско и Лос-Анджелесе), а также в ряде европейских стран. Карл Густав Юнг умер в своём доме 6 июня 1961 в Кюснахте. Похоронен на кладбище протестантской церкви города.